Här är 5 vanliga färgämnen för att visualisera och färga DNA

Andrew Brookes / Getty Images

Uppdaterad 9 januari 2020

Det finns flera olika fläckar som kan användas för att visualisera och fotografera DNA efter att materialet har separerats med gelelektrofores.

Bland de många valen är dessa fem fläckar de vanligaste, och börjar med etidiumbromid, som är den vanligaste används i stor utsträckning. När du arbetar med denna process är det viktigt att inte bara känna till skillnaderna mellan fläckarna utan även de inneboende hälsoriskerna.

” data-sc-load-immediate=”3″ data-sc-max-track-height=”600″ data-sc-min-track-height=”250″ data-sc-sticky-offset=”85″ id =”list-sc__content_1-0″>

Etidiumbromid

Etidiumbromid är sannolikt det mest välkända färgämnet som används för att visualisera DNA. Det kan användas i gelblandningen, elektroforesbufferten eller för att färga gelén efter att den har körts.

Molekyler av färgämnet fäster vid DNA-strängar och fluorescerar under UV-ljus, vilket visar dig exakt var banden är i gelén . Trots sin fördel är nackdelen att etidiumbromid är ett potentiellt cancerframkallande ämne, så det måste hanteras med stor försiktighet.

SYBR Gold

SYBR Guldfärg kan b e används för att färga dubbel- eller enkelsträngat DNA eller för att färga RNA. SYBR Gold kom ut på marknaden som ett av de första alternativen till etidiumbromid och anses vara känsligare.

Färgen uppvisar 1000 gånger större UV-fluorescensförstärkning när det är bundet till nukleinsyror. Det penetrerar sedan tjocka och högprocentiga agarosgeler och kan användas i formaldehydgeler.

Eftersom fluorescensen hos den obundna molekylen är så låg krävs ingen avfärgning. Licensinnehavaren Molecular Probes har också (sedan lanseringen av SYBR Gold) utvecklat och marknadsfört SYBR Safe och SYBR Green som är säkrare alternativ till etidiumbromid.

SYBR Green

SYBR Green I- och II-färgerna (återigen, marknadsförs av Molecular Probes) är optimerade för olika ändamål. Eftersom de binder till DNA anses de fortfarande vara potentiella mutagener och på grund av det bör de hanteras med försiktighet.

SYBR Grön I är mer känslig för användning med dubbelsträngat DNA, medan SYBR Green II å andra sidan är bäst för användning med enkelsträngat DNA eller RNA. Liksom den populära etidiumbromidfärgen fluorescerar dessa mycket känsliga fläckar under UV-ljus.

Båda SYBR Grön I och II rekommenderas av tillverkaren att användas med ”254 nm epi-illumination Polaroid 667 svartvit film och ett SYBR Green-gelfärgningsfotografiskt filter” för att uppnå detektion av 100 pg RNA eller enkelsträngat DNA per band.

SYBR Säker

SYBR Safe designades för att vara ett säkrare alternativ till etidiumbromid och andra SYBR-fläckar. Det anses inte vara farligt avfall och kan i allmänhet slängas genom de vanliga avloppssystemen (dvs i avloppet), eftersom toxicitetstester indikerar att det inte finns någon akut toxicitet.

Testning indikerar också att det finns liten eller ingen genotoxicitet på syriska hamsterembryoceller (SHE), humana lymfocyter, muslymfomceller eller noteras i AMES-testet. Färgen kan användas med en blåljustransilluminator som orsakar mindre skada på det DNA som visualiseras och ger bättre effektivitet för senare kloning.