John och Elizabeth Phillips etablerade Exeter Academy den 17 maj 1781. Exeter har vuxit från den ödmjuka början med bara en lärare och 56 elever till att bli en av de finaste privatskolorna i Amerika.
Exeter har haft turen under åren att få några anmärkningsvärda gåvor för sin gåva, en av dess finansieringskällor. En gåva, i synnerhet, sticker ut och det är donationen på 5 800 000 $ 1930 från Edward Harkness. Harkness-gåvan revolutionerade undervisningen i Exeter; skolan utvecklade senare Harkness-metoden för undervisning och Harkness-bordet. Denna utbildningsmodell används nu i skolor runt om i världen.