På basis av arkeologiska fynd har det postulerats att hominidaktivitet i Japan kan dateras så tidigt som 200 000 f.Kr. när öarna var kopplade till det asiatiska fastlandet. vissa forskare tvivlar på detta tidiga datum för bosättning, de flesta är överens om att istiden runt 40 000 f.Kr. hade återförenat öarna med fastlandet.
Befolka landet Japan
Baserat på arkeologiska bevis är de också överens om att mellan 35 000 och 30 000 f.Kr. hade Homo sapiens migrerat till öarna från östra och sydöstra Asien och hade väletablerade mönster för jakt och insamling och stenverktygstillverkning. Stenverktyg, bosättningsplatser och mänskliga fossil från denna period har hittats på alla öar i Japan.
Jomonperioden
Mer stabila levnadsmönster gav upphov till cirka 10 000 f.Kr. till neolitisk eller, som vissa forskare hävdar, mesolitisk kultur. Möjligen avlägsna förfäder till Ainus ursprungsbefolkning i det moderna Japan, medlemmar av den heterogena Jomon-kulturen (ca. 10 000-300 f.Kr.) lämnade de tydligaste arkeologiska uppgifterna. År 3 000 f.Kr. gjorde Jomon-folket lerfigurer och kärl dekorerade med mönster gjorda genom att imponera på den våta leran med flätat eller oflätat snöre och pinnar (Jomon betyder ”mönster av flätat snöre”) med växande sofistikering. Dessa människor använde också avhuggna stenredskap, fällor och pilbågar och var jägare, samlare och skickliga kust- och djuphavsfiskare. De utövade en rudimentär form av jordbruk och levde i grottor och senare i grupper av antingen tillfälliga bostäder i grunda grop eller ovanjordiska hus, vilket lämnade rika köksmyllor för moderna antropologiska studier.
Vid den sena Jomon-perioden hade en dramatisk förändring skett enligt arkeologiska studier. Den begynnande odlingen hade utvecklats till sofistikerad risodling och statlig kontroll. Många andra delar av japansk kultur kan också härstamma från denna period och återspegla en blandad migration från den norra asiatiska kontinenten och de södra Stillahavsområdena. Bland dessa element finns shintomytologi, äktenskapssed, arkitektoniska stilar och teknisk utveckling, såsom lack, textilier, metallbearbetning och glastillverkning.
Yayoi-perioden
Nästa kulturella period, Yayoi (uppkallad efter den del av Tokyo där arkeologiska undersökningar avslöjade dess spår) blomstrade mellan cirka 300 f.Kr. och 250 e.Kr. från södra Kyushu till norra Honshu. De tidigaste av dessa människor, som tros ha migrerat från Korea till norra Kyushu och blandat sig med Jomon, använde också huggiga stenverktyg. Även om keramik av Yayoi var mer tekniskt avancerad, var den enklare dekorerad än Jomon ware.
Yayoi tillverkade ceremoniella icke-funktionella klockor, speglar och vapen i brons och, under det första århundradet e.Kr., järn jordbruksredskap och vapen. När befolkningen ökade och samhället blev mer komplext vävde de tyg, bodde i permanenta bondbyar, byggde byggnader av trä och sten, samlade rikedomar genom markägande och lagring av spannmål och utvecklade distinkta samhällsklasser. Deras konstbevattnade, våta riskultur liknade den i centrala och södra Kina, och krävde stora insatser av mänskligt arbete, vilket ledde till utvecklingen och slutligen tillväxten av ett mycket stillasittande, agrart samhälle.
Till skillnad från Kina, som var tvungen att genomföra massiva offentliga arbeten och vattenkontrollprojekt, vilket ledde till en mycket centraliserad regering, hade Japan rikligt vatten. I Japan var alltså den lokala politiska och sociala utvecklingen relativt sett viktigare än den centrala myndighetens och ett stratifierat samhälles verksamhet.
De tidigaste skriftliga uppgifterna om Japan kommer från kinesiska källor från denna period. Wa (det japanska uttalet av ett tidigt kinesiskt namn för Japan) nämndes första gången år 57 e.Kr. Tidiga kinesiska historiker beskrev Wa som ett land med hundratals utspridda stamsamhällen, inte det enade landet med en 700-årig tradition som anges i Nihongi, som lägger grunden för Japan vid 660 f.Kr.
Kinesiska källor från det tredje århundradet rapporterade att Wa-folket levde på rått grönsaker, ris och fisk serverades på bambu- och träbrickor, hade vasall-mästare, samlade in skatter, hade proviantmagasin och marknader, klappade händerna i tillbedjan (något som fortfarande görs i shinto-helgedomar), hade våldsamma successionskamper, byggde jordgravar högar och iakttagen sorg. Himiko, en kvinnlig härskare i en tidig politisk federation känd som Yamatai, blomstrade under det tredje århundradet. Medan Himiko regerade som en andlig ledare, skötte hennes yngre bror statliga angelägenheter, vilket inkluderade diplomatiska förbindelser med den kinesiska Wei-dynastins hov (220 till 65 e.Kr.).
